לא כל רכיב שכר מזכה בהפרשה לקרן השתלמות. בהתאם לסעיף 3(ה) לפקודת מס הכנסה, רכיבי שכר הראויים לשמש בסיס לחישוב קרן השתלמות הם כל אלה המהווים הכנסת עבודה, למעט תשלומים שניתנו לעובד לכיסוי הוצאותיו, שכר שעות נוספות ותשלומים בשל מאמץ מיוחד או בשל אירוע מסוים. בנוסף לכך מוגבל השכר המהווה בסיס לחסכון בקרן השתללמות הפטור ממס לתקרה שגובהה 15,712 שקל לחודש. הפרשות מהכנסה מעבר לסכום זה, מחויבת במס שולי רגיל.